Στη νέα διοργάνωση της ΕΠΟ το Κύπελλο Γ' Εθνικής, σε αυτό θα συμμετάσχουν οι 96 ομάδες της κατηγορίας, μεταξύ των οποίων η Καλαμάτα και ο Μεσσηνιακός.
Το πρωτάθλημα όπως είναι γνωστό θα διεξαχθεί σε έξι ομίλους των 16 ομάδων για να ανέβει ο πρώτος στην Football League.
Έτσι όμως θα είναι και η δομή του Κυπέλλου. Συγκεκριμένα, οι ομάδες θα χωριστούν σε έξι ή οκτώ ομίλους (το πιο πιθανό) και θα παίξουν μεταξύ τους νοκ άουτ παιχνίδια.
Δηλαδή, εάν ο πρώτος όμιλος έχει 16 ομάδες (ή δώδεκα), αυτές θα κληρωθούν μεταξύ τους και θα προχωρούν οι νικητές (μέσα από νοκ άουτ αγώνες) μέχρι να βγει ένας από τον όμιλο.
Το ίδιο θα γίνει και στους άλλους ομίλους. Έτσι οι νικητές των ομίλων θα προκριθούν στην επόμενη φάση και θα κληρώνονται μέχρι τον τελικό, αλλά ακόμη δεν έχει ξεκαθαρίσει εάν μετά τους ομίλους θα είναι μονά παιχνίδια ή διπλά.