Τα ζευγάρια, που προέκυψαν είναι:

ΠΑΟΚ - Λάρισα

ΝΠΣ Βόλος - ΟΦΗ

ΠΑΣ Γιάννενα - Ατρόμητος

Αρης - Αστέρας Τρίπολης

ΑΕΚ - Απόλλων Σμύρνης

Παναιτωλικός - Ολυμπιακός

Στην επόμενη φάση χωρίς αγώνα περνούν Παναθηναϊκός και Λαμία. 

Οι πρώτοι αγώνες θα γίνουν 19-21 Ιανουαρίου και οι δεύτεροι 2-4 Φεβρουαρίου. Ο τελικός της διοργάνωσης είναι προγραμματισμένος για τις 22 Μαΐου. Η ΕΠΟ αποφάσισε την τελευταία στιγμή η κλήρωση να γίνει μόνο με τις 14 ομάδες της Super League 1, παρότι η αρμόδια Επιτροπή των λοιμωξιολόγων εισηγήθηκε κατ ́ αρχήν τη συμμετοχή και ομάδων της Super League 2.
Η ΕΠΟ όμως έκρινε ότι δεν καλύπτεται απ' την απόφαση και η κλήρωση έγινε μόνο με ομάδες της SL1. Η σχετική ανακοίνωση της Εκτελεστικής Επιτροπής της ΕΠΟ για την απόφαση με συμμετοχής στην
κλήρωση ομάδων της SL2: «Η διοργάνωση του Κυπέλλου Ελλάδος αγωνιστικής περιόδου 2020-21 θα συνεχιστεί με τη συμμετοχή μόνον των ΠΑΕ της Super League 1, καθώς με σημερινή επιστολή της η Εθνική Επιτροπή Προστασίας της Δημόσιας Υγείας έναντι του κορωνοϊού COVID-19 γνωστοποίησε στην ΕΠΟ ότι «αναφορικά με τη συμμετοχή ομάδων της Super League 2 στη διεξαγωγή του Κυπέλλου Ελλάδος, τα μέλη θα επανέλθουν εντός δεκαημέρου προκειμένου να εισηγηθούν επί του θέματος λαμβάνοντας υπόψη τα νεότερα επιδημιολογικά δεδομένα».
Η απόφαση της Επιτροπής καθιστά πρακτικά αδύνατο τον περαιτέρω προγραμματισμό, αλλά και την ομαλή διεξαγωγή της διοργάνωσης, κατόπιν τούτου η συμμετοχή μόνον των ΠΑΕ της Super League 1 αποτελεί μοναδική δυνατότητα για τη φετινή διοργάνωση του Κυπέλλου Ελλάδος. Για τους αγώνες του Κυπέλλου Ελλάδος θα τηρηθεί το εγκεκριμένο υγειονομικό πρωτόκολλο των αγώνων της Super League 1».

Παρακολουθήστε ξανά την διαδικασία: