Στην κληρωτίδα μπήκαν οι 20 ομάδες της Γ' Εθνικής, που προκρίθηκαν από την 2η φάση και οι 26 ομάδες της Superleague 2.

Όποια ομάδα της Γ' εθνικής δεν έχει αυτή τη δυνατότητα μπορεί να χρησιμοποιήσει έδρα και εκτός Νομού.
Να σημειωθεί πως από την διαδικασία εξαιρέθηκαν οι δεύτερες ομάδες των τεσσάρων συλλόγων της Super League, δηλαδή του Ολυμπιακού, Παναθηναϊκού, ΑΕΚ και ΠΑΟΚ.
Στον 1ο όμιλο προέκυψε τοπικό ντέρμπι Απόλλων Λάρισας – Λάρισα, ενώ στο δεύτερο όμιλο οι δύο ομάδες της Αχαΐας, ο Διαγόρας Βραχνέικων και η Παναχαϊκή θα παίξουν μεταξύ τους. Ξεχωρίζουν επίσης το Εθνικός – Προοδευτική και Αιγάλεω – Χανιά.
Η “Μαύρη Θύελλα” θα έχει δύσκολο έργο στην πρεμιέρα της στο Κύπελλο, αλλά υπάρχει αισιοδοξία για την πρόκριση.

Από την κλήρωση προέκυψαν τα ακόλουθα ζευγάρια:

1ος όμιλος

Αχέρων Καναλακίου - Ολυμπιακός Βόλου

Εδεσσαϊκός - Κοζάνη

Λευκίμμη - Απόλλων Πόντου

Ποσειδών Νέας Μηχανιώνας - Λεβαδειακός

ΑΕ Καραϊσκάκη - Ξάνθη

Απόλλων Λάρισας - Λάρισα

Πιερικός - Τρίγλια

Θησέας Αγριάς - Πανσερραϊκός 

ΠΟ Φήκης - Νίκη Βόλου

Παναγρινιακός - Τρίκαλα

Βέροια - Αναγέννηση Καρδίτσας

Εθνικός Σοχού - ΑΟ Υπάτου

Θεσπρωτός - Αλμωπός Αριδαίας

2ος όμιλος

Ιεράπετρα - Καλαμάτα

ΠΑΟ Ρουφ - Εργοτέλης

Νέα Αρτάκη - Κηφισιά

Εθνικός - Προοδευτική

Αιγάλεω - Χανιά

Καλλιθέα - Επισκοπή

Άρης Σούδας - Διαγόρας Ρόδου

Γιούχτας - Άγιος Νικόλαος

Ηλιούπολη - Αστέρας Βλαχιώτη

Διαγόρας Βραχνείκων - Παναχαϊκή

* Ολοι οι αγώνες είναι μονοί (παράταση - πέναλτι σε περίπτωση ισοπαλίας) και θα διεξαχθούν την Κυριακή 26 Σεπτεμβρίου στις 4 μ.μ

* Στην 4η και 5η φάση θα λάβουν μέρος και οι ομάδες της Superleague 1, εκτός Ολυμπιακού, ΠΑΟΚ, ΑΕΚ, Αρη, που θα μπουν στη διοργάνωση από την 6η φάση

* Οι αγώνες της 3ης φάσης θα οριστούν σε γήπεδα προδιαγραφών Superleague 2 και όπου αυτό δεν είναι εφικτό οι ομάδες μπορούν να χρησιμοποιήσουν ως έδρα γήπεδο γειτονικού νομού.

Δείτε την διαδικασία της κλήρωσης της 3ης φάσης: