Από τις αλλαγές που θα υπάρξουν, είναι πως στο πρωτάθλημα της Β' κατηγορίας της ποδοσφαιρικής σεζόν 2016-2017 θα συμμετέχουν 26 ομάδες, αντί για 22 που ήταν τη χρονιά που τελείωσε και θα ισχύσει την περίοδο 2015-2016. Αυτό γίνεται με σκοπό να παραταθεί η χρονική διάρκεια του πρωταθλήματος και να μην τελειώνει πολύ νωρίς όπως έγινε στο προηγούμενο και θα συμβεί και στο νέο πρωτάθλημα.
Σε ότι αφορά τα υπόλοιπα δεν αναμένονται αλλαγές και θα ισχύσουν οι ίδιοι κανονισμοί για όλες τις κατηγορίες.