Στη διαδικασία συμμετείχαν οι 14 ομάδες της Football League που προκρίθηκαν απευθείας από την Α' φάση του θεσμού: Πανσερραϊκός, Απόλλων Σμύρνης, Κισσαμικός, Χανιά, Παναιγιάλειος, Κέρκυρα, Λάρισα, Λαμία, Αναγέννηση Καρδίτσας, Ζάκυνθος, Εργοτέλης, Ολυμπιακός Βόλου, Παναχαϊκή και Πανελευσινιακός.
Σε αυτές θα προστέθηκαν οι 16 σύλλογοι της Σούπερ Λίγκας και οι Αχαρναϊκός, Καλλιθέα, που προκρίθηκαν, σε διπλά παιχνίδια, κόντρα σε Τρίκαλα και Αγροτικό Αστέρα. Συγκροτήθηκαν 8 όμιλοι των τεσσάρων ομάδων, που θα παίξουν τρεις αγωνιστικές σε μονά παιχνίδια για να προκριθούν οι ομάδες που θα συγκροτήσουν τη φάση των «16» της διοργάνωσης.  Οι ημερομηνίες διεξαγωγής των τριών αγωνιστικών είναι 27-29/10/2015 (1η), 1-3/12/2015 (2η) και 15-17/12/2015 (3η) ενώ οι όμιλοι που προέκυψαν είναι οι παρακάτω.


1ος ΟΜΙΛΟΣ
Ομάδες: ΠΑΣ Γιάννινα, Ηρακλής, Αχαρναϊκός, Αναγέννηση Καρδίτσας.
1η: ΠΑΣ Γιάννινα-Ηρακλής, Αναγέννηση Καρδίτσας-Αχαρναϊκός
2η: Αχαρναϊκός-ΠΑΣ Γιάννινα, Ηρακλής-Αναγέννηση Καρδίτσας
3η: Αχαρναϊκός-Ηρακλής, Αναγέννηση Καρδίτσας-ΠΑΣ Γιάννινα

2ος ΟΜΙΛΟΣ
Ομάδες: Παναιτωλικός, Πανιώνιος, Εργοτέλης, Ζάκυνθος
1η: Παναιτωλικός-Πανιώνιος, Ζάκυνθος- Εργοτέλης
2η: Εργοτέλης-Παναιτωλικός, Πανιώνιος-Ζάκυνθος
3η: Εργοτέλης-Πανιώνιος, Ζάκυνθος-Παναιτωλικός

3ος ΟΜΙΛΟΣ
Ομάδες: ΠΑΟΚ, Πανθρακικός, Χανιά, Ολυμπιακός Βόλου
1η: ΠΑΟΚ-Πανθρακικός, Ολυμπιακός Βόλου-Χανιά
2η: Χανιά- ΠΑΟΚ, Πανθρακικός-Ολυμπιακός Βόλου
3η: Χανιά-Πανθρακικός, Ολυμπιακός Βόλου-ΠΑΟΚ

4ος ΟΜΙΛΟΣ
Ομάδες: Παναθηναϊκός, Λεβαδειακός, Παναχαϊκή, Κέρκυρα
1η: Παναθηναϊκός-Λεβαδειακός, Κέρκυρα-Παναχαϊκή
2η: Παναχαϊκή-Παναθηναϊκός, Λεβαδειακός-Κέρκυρα
3η: Παναχαϊκή-Λεβαδειακός, Κέρκυρα-Παναθηναϊκός

5ος ΟΜΙΛΟΣ
Ομάδες: Ολυμπιακός, Πλατανιάς, Παναιγιάλειος, Απόλλων Σμύρνης
1η: Ολυμπιακός-Πλατανιάς, Απόλλων Σμύρνης-Παναιγιάλειος
2η: Παναιγιάλειος-Ολυμπιακός, Πλατανιάς-Απόλλων Σμύρνης
3η: Παναιγιάλειος-Πλατανιάς, Απόλλων Σμύρνης-Ολυμπιακός

6ος ΟΜΙΛΟΣ
Ομάδες: Ατρόμητος, Βέροια, Λαμία, Καλλιθέα
1η: Ατρόμητος-Βέροια, Καλλιθέα-Λαμία
2η: Λαμία-Ατρόμητος, Βέροια-Καλλιθέα
3η: Λαμία-Βέροια, Καλλιθέα-Ατρόμητος

7ος ΟΜΙΛΟΣ
Ομάδες: SKODA Ξάνθη, ΑΕΚ, Λάρισα, Πανελευσινιακός
1η: SKODA Ξάνθη-ΑΕΚ, Πανελευσινιακός-Λάρισα
2η: Λάρισα-SKODA Ξάνθη, ΑΕΚ-Πανελευσινιακός
3η: Λάρισα-ΑΕΚ, Πανελευσινιακός-SKODA Ξάνθη

8ος ΟΜΙΛΟΣ
Ομάδες: Αστέρας Τρίπολης, Καλλονή, Κισσαμικός, Πανσερραϊκός
1η: Αστέρας Τρίπολης-Καλλονή, Πανσερραϊκός-Κισσαμικός
2η: Κισσαμικός-Αστέρας Τρίπολης, Καλλονή-Πανσερραϊκός
3η: Κισσαμικός-Καλλονή, Πανσερραϊκός-Αστέρας Τρίπολης