Το όνομα της διοργάνωσης δόθηκε προς τιμήν του Μεσσηνίου ήρωα της Επανάστασης του 1821 και σε ανάμνηση της θυσίας του στο Μανιάκι Μεσσηνίας.
Τα "Παπαφλέσσεια" ξεκίνησαν στα μέσα της δεκαετίας 1950-60 ως ετήσιοι τοπικοί αγώνες στίβου και αποτελούν την μετεξέλιξη της προπολεμικής αθλητικής διοργάνωσης "Ελευθέρια". Μετείχαν αθλητές από το νομό Μεσσηνίας και οι αγώνες διεξάγονταν στο ιστορικό γήπεδο του Μεσσηνιακού Γ.Σ. Οι αγώνες ήταν δημοφιλείς και αποτελούσαν ένα άτυπο μεσσηνιακό πρωτάθλημα στίβου. Συνεχίστηκαν ανελλιπώς ως το 1968 και στο πρόγραμμά τους περιλαμβάνονταν τα αγωνίσματα: 100, 200, 400, 1500, 3000, 4Χ100, μήκος, ύψος, τριπλούν, επί κοντώ, μήκος χωρίς φορά, σφαίρα, δίσκος, ακόντιο και λιθοβολία.
Μετά από μακροχρόνια διακοπή οι αγώνες αναβίωσαν το 1984, χρονιά που τοποθετήθηκε ελαστικός τάπητας στο Δημοτικό Στάδιο Καλαμάτας μετατρέποντάς το σε κατάλληλο στάδιο για αγώνες. Ως το 1995 είχαν αποκλειστικά ελληνικό χαρακτήρα και σε αυτούς συμμετείχαν κυρίως αθλητές από την Πελοπόννησο και την Αττική και σπανιότερα από άλλες περιοχές της Ελλάδας.
Το 1996 ξεκινά η διεθνοποίηση των Παπαφλεσσείων με τη συμμετοχή των καλύτερων Ελλήνων και πολλών επιφανών ξένων αθλητών. Επιτυγχάνονται μερικές εντυπωσιακές επιδόσεις και το μήτιγκ γίνεται ιδιαίτερα δημοφιλές. Η διοργάνωσή του τελεί πλέον υπό την αιγίδα του ΣΕΓΑΣ και της Ευρωπαϊκής Ομοσπονδίας Αθλητισμού (Εuropean Αthletic Αssociation-E.A.A.).

Διαχρονική εξέλιξη

Δεκαετία '50 ως 1968: Μεσσηνιακοί αγώνες στίβου "τα Παπαφλέσσεια": Γήπεδο Μεσσηνιακού
1984 ως 1995: Πανελλήνια αθλητική συνάντηση στίβου "τα Παπαφλέσσεια": Δημοτικό Στάδιο Καλαμάτας
1996 ως σήμερα: Διεθνής αθλητική συνάντηση στίβου "τα Παπαφλέσσεια": Δημοτικό Στάδιο Καλαμάτας