Τα πρωταθλήματα της Α' Α1 και Β' τοπικής ως γνωστόν δεν ολοκληρώθηκαν λόγω της πανδημίας και η ΕΠΣΜ αποφάσισε την τροποποίηση των προκηρύξεων, όπως είχε δικαίωμα μετά από νομοθετική ρύθμιση.
Ετσι, φέτος δεν θα υποβιβαστεί καμία ομάδα, ενώ πρωταθλητές αναδεικνύονται οι ομάδες που ήταν στην πρώτη θέση τη στιγμή της διακοπής.
Στην Α' τοπική τον τίτλο κατέκτησε ο Πάμισος και μαζί το εισιτήριο της ανόδου για τη Γ' εθνική. Στην Α1 τοπική πρωταθλήτρια αναδείχθηκε η Ομόνοια, η οποία προβιβάζεται στην Α' τοπική μαζί με τον Παπαφλέσσα Χώρας και το Πεταλίδι. Στη Β' τοπική, τον τίτλο στον 1ο όμιλο πήρε η Αναγέννηση Παραλίας, στον δεύτερο ο Π.Α.Σ. Ράχη και στον τρίτο η Α.Ε. Λογγάς. Με άλλα λόγια έχουμε 7 ανόδους και κανέναν υποβιβασμό.
Κάτι που σημαίνει ότι αυξάνεται ο αριθμός των ομάδων στο νέο πρωτάθλημα της Α' τοπικής από 16 σε 18. Η Σπερχογεία ανακοίνωσε πάντως χθες ότι δεν θα λάβει μέρος στη μεγάλη κατηγορία του μεσσηνιακού ερασιτεχνικού ποδοσφαίρου, αλλά στη Β' τοπική. Μένει να φανεί αν και με ποιο τρόπο θα καλυφθεί το κενό και πως θα διαμορφωθεί το σκηνικό και στις χαμηλότερες κατηγορίες.
Η ανακοίνωση της Ενωσης για τις παραπάνω αποφάσεις, αλλά και για την αλλαγή στο δ.σ. (Νινιός αντί Ρούτση στη θέση του γραμματέα) αναφέρει: "Το Δ.Σ. της ΕΠΣ Μεσσηνίας ενημερώνει όλα τα σωματεία, ότι σε συνεδρίασή του το Σάββατο 13 Ιουνίου 2020 αποφάσισε την επικύρωση ως οριστικών και τελικών, των βαθμολογιών των πρωταθλημάτων και των τριών κατηγοριών (Α, Α1 και Β τοπικής κατηγορίας) που είχαν τα σωματεία κατά την αγωνιστική πριν σταματήσουν τα τοπικά πρωταθλήματα λόγω της επιδημίας του Κοροναιού (Covid 19). Δυνάμει των βαθμολογιών αυτών, ανέδειξε τους πρωταθλητές των κατηγοριών και τα σωματεία τα οποία σύμφωνα με την προκήρυξη 2019-2020 της ΕΠΣ Μεσσηνίας θα συμμετέχουν σε μεγαλύτερη κατηγορία. Για τους λόγους αυτούς, πρωταθλητής της Α’ τοπικής κατηγορίας ΕΠΣΜ είναι το σωματείο «Α.Ο. ΜΕΣΣΗΝΗΣ ΠΑΜΙΣΟΣ» και προάγεται στην Γ εθνική κατηγορία, πρωταθλητής της Α1 τοπικής κατηγορίας ΕΠΣΜ είναι το σωματείο «Α.Ο. ΟΜΟΝΟΙΑ ΚΑΛΑΜΑΤΑΣ», το οποίο μαζί με τα σωματεία «Α.Ο. ΠΑΠΑΦΛΕΣΣΑΣ ΧΩΡΑΣ» και «Α.Ο. ΠΕΤΑΛΙΔΙΟΥ» προβιβάζονται βάση προκήρυξης στην Α’ τοπική κατηγορία ΕΠΣΜ, ενώ πρωταθλητές των τριών ομίλων της Β’ τοπικής είναι τα σωματεία «Α.Ο. ΑΝΑΓΕΝΝΗΣΗ ΠΑΡΑΛΙΑΣ» στον 1ο όμιλο, «Π.Α.Σ. ΡΑΧΗ» στο δεύτερο όμιλο και «Α.Ε. ΛΟΓΓΑΣ» στον τρίτο όμιλο, τα οποία προάγονται στην Α1 τοπική κατηγορία ΕΠΣΜ. Επιπλέον αποφασίστηκε ότι κανένα σωματείο από καμία κατηγορία δεν θα υποβιβαστεί σε κατώτερη κατηγορία. Τέλος, λόγω παραίτησης του Γενικού Γραμματέα της ΕΠΣ Μεσσηνίας κύριου Νικολάου Ρούτση, ομόφωνα εξέλεξαν και τα δέκα μέλη του Δ.Σ. που είχαν παρευρεθεί, νέο Γενικό γραμματέα ΕΠΣΜ, το μέλος του Δ.Σ., κύριο Παναγιώτη Νινιό".