Σε αυτή τη φάση συμμετείχαν οι ομάδες της Γ' εθνικής που πήραν την πρόκριση από τη δεύτερη φάση και οι ομάδες της Super League 2. Συνολικά έγιναν 22 αναμετρήσεις. Η 23η και τελευταία γι' αυτόν τον γύρο, ανάμεσα στο Αιγάλεω και τα Χανιά, θα γίνει την Τετάρτη. Στα πέναλτι κρίθηκαν τρία παιχνίδια, μεταξύ των οποίων και αυτό της Ιεράπετρας με την Καλαμάτα, με τη 'Μαύρη Θύελλα" να παίρνει την πρόκριση.
Αναλυτικά τα αποτελέσματα έχουν ως εξής:
Βόρειος Όμιλος
ΠΑΣ Αχέρων Καναλακίου – Ολυμπιακός Βόλου 2-1 παράταση (1-1 κ.α)
Εδεσσαϊκός – Κοζάνη 1-3
ΑΕ Λευκίμμης – Απόλλων Πόντου 2-1 παράταση (0-0 κ.α)
Ποσειδών Μηχανιώνας – Λεβαδειακός 0-5
Καραϊσκάκης Άρτας – Ξάνθη 0-2
Απόλλων Λάρισας – ΑΕΛ 0-3
Πιερικός – Ηρακλής 1-2
Θησέας Αγριάς – Πανσερραϊκός 2-4 στα πέναλτι (2-2 κ.α. και παράταση)
ΠΟ Φήκης – Νίκη Βόλου 0-1
Παναγρινιακός – Τρίκαλα 0-2
Βέροια – Αναγέννηση Καρδίτσας 0-1 παράταση (0-0 κ.α)
Εθνικός Σοχού – ΑΟ Υπάτου 0-1
Θεσπρωτός – Αλμωπός Αριδαίας 1-2
Νότιος Όμιλος
Εθνικός - Προοδευτική 2-4 στα πέναλτι (2-2 κ.α. και παράταση)
Αρης Σούδας - Διαγόρας 0-1
ΟΦ Ιεράπετρας – Καλαμάτα 3-4 στα πέναλτι (0-0 κ.α, 1-1 παράταση)
ΠΑΟ Ρουφ – Εργοτέλης 0-3
Νέα Αρτάκη – Κηφισιά 1-2
Καλλιθέα – Επισκοπή 2-1 παράταση (1-1 κ.α.)
Γιούχτας - Αγιος Νικόλαος 1-2 παράταση (1-1 κ.α)
Ηλιούπολη – Αστέρας Βλαχιώτη 2-0
Διαγόρας Βραχνεΐκων – Παναχαϊκή 0-1
Αιγάλεω - Χανιά (Τετάρτη, 4 μ.μ.)