Η διαδικασία θα αφορά τόσο την 3η φάση όσο και όλες τις επόμενες, έως και τον τελικό της διοργάνωσης.
Στη 3η φάση θα λάβουν μέρος 32 ομάδες — όσες προκρίθηκαν από τη 2η φάση, καθώς και εκείνες που πέρασαν χωρίς αγώνα από την πρώτη κλήρωση. Από την κλήρωση θα προκύψουν 16 ζευγάρια, με τους αγώνες να είναι μονοί και γηπεδούχο την ομάδα που θα κληρωθεί πρώτη.
Σε περίπτωση ισόπαλου αποτελέσματος στην κανονική διάρκεια, οι αναμετρήσεις της 3ης και 4ης φάσης θα οδηγούνται απευθείας στη διαδικασία των πέναλτι. Αντίθετα, στην 5η και 6η φάση, αν δεν υπάρξει νικητής, θα διεξάγεται ημίωρη παράταση και, εφόσον χρειαστεί, πέναλτι, σύμφωνα με το άρθρο 20 παρ. 6α του ΚΑΠ.
Στην κλήρωση θα μπουν οι εξής ομάδες: Ποσειδών Καρδαμύλων, ΑΕΡ Αφάντου, Απόλλων Καλυθιών, ΠΟ Ατσαλένιου, Γιούχτας, ΑΕ Μυκόνου, Ιωνικός Νίκαιας, Εθνικός ΟΦΠΦ, ΑΟ Νέας Ιωνίας, ΑΟ Χαϊδαρίου, ΑΟ Νέας Αρτάκης, Μπουμπουλίνα Σπετσών, Κόρινθος, Πέλοψ Κιάτου, Πύργος, Θύελλα Πατρών, Λαμία, ΑΕ Λευκίμμης, ΑΕ Νέας Σελεύκειας, Τηλυκράτης, Αναγέννηση Άρτας, ΑΟ Τρίκαλα, Σαρακηνός Άνω Βόλου, Ηρακλής Λάρισας, Πιερικός, Εθνικός Νέου Κεραμιδίου, ΠΑΟΚ Δυτικού, Αστέρας Αγίου Νικολάου, Ποσειδών Νέας Μηχανιώνας, Ηρακλής Θερμαϊκού, Αετός Οφρυνίου και Πανθρακικός.

Αναλυτικά το πρόγραμμα των φάσεων της διοργάνωσης:

3η Φάση: Τετάρτη 29 Οκτωβρίου 2025
4η Φάση: Τετάρτη 19 Νοεμβρίου 2025
5η Φάση: Τετάρτη 28 Ιανουαρίου 2026
6η Φάση: Τετάρτη 11 Μαρτίου 2026
Τελικός: Σάββατο 4 ή Κυριακή 5 Απριλίου 2026