Συγκεκριμένα, σύμφωνα με την προκήρυξη που ετοίμασε η ΕΠΟ, οι μικτές ομάδες παίδων και νέων της Μεσσηνίας θα βρίσκονται στον 9ο όμιλο μαζί με τις αντίστοιχες ομάδες από την Ζάκυνθο, την Ηλεία και την Κεφαλλονιά/Ιθάκη.
Συνολικά οι ομάδες έχουν χωριστεί σε 13 ομίλους.
Οι όμιλοι των πρωταθλημάτων συγκροτήθηκαν με γεωγραφικά κριτήρια από την επιτροπή και θα είναι δώδεκα των τεσσάρων (4) ομάδων και ένας (1) των πέντε (5) ομάδων ως εξής:
1ος όμιλος: Έβρος, Θράκη, Καβάλα, Ξάνθη,
2ος όμιλος: Δράμα, Κιλκίς, Σέρρες, Χαλκιδική,
3ος όμιλος: Ημαθία, Μακεδονία, Πέλλα, Πιερία,
4ος όμιλος: Γρεβενά, Καστοριά, Κοζάνη, Φλώρινα,
5ος όμιλος: Άρτα, Θεσπρωτία, Κέρκυρα, Πρέβεζα - Λευκάδα,
6ος όμιλος: Ήπειρος, Καρδίτσα, Λάρισα, Τρίκαλα,
7ος όμιλος: Εύβοια, Ευρυτανία, Θεσσαλία, Φθιώτιδα,
8ος όμιλος: Αιτωλοακαρνανία, Αχαΐα, Βοιωτία. Φωκίδα,
9ος όμιλος: Ζάκυνθος, Ηλεία, Κεφαλλήνια - Ιθάκη, Μεσσηνία,
10ος όμιλος: Αργολίδα, Αρκαδία, Κόρινθος, Λακωνία,
11ος όμιλος: Αθήνα, Ανατολική Αττική, Δυτική Αττική, Πειραιάς,
12ος όμιλος: Ηράκλειο, Λασίθι, Ρέθυμνο, Χανιά,
13ος όμιλος: Δωδεκάνησα, Κυκλάδες, Λέσβος, Σάμος, Χίος.
Διπλοί αγώνες στην α’ φάση
Στο φετινό πρωτάθλημα υπάρχει μια σημαντική διαφοροποίηση καθώς οι αγώνες της πρώτης φάσης θα οριστούν στο πλαίσιο του κάθε ομίλου με κλήρωση και θα είναι διπλοί για τους δώδεκα (12) ομίλους (ενώ πέρυσι ήταν μονοί), και μονοί για τον δέκατο τρίτο (13) όμιλο νήσων, οι οποίοι θα διεξαχθούν υπό μορφή τουρνουά.
Στη δεύτερη (Β΄) φάση οι δεκατρείς (13) πρωταθλήτριες, η δευτεραθλήτρια του 13ου ομίλου και οι δύο (2) καλύτερες δευτεραθλήτριες των υπολοίπων ομίλων της πρώτης (Α΄) φάσης, σύνολο δέκα έξι (16) ομάδες θα χωριστούν σε δύο γεωγραφικές ζώνες των οκτώ (8) ομάδων (βορράς & νότος), και στη συνέχεια με κλήρωση, θα προκύψουν τέσσερα (4) ζευγάρια τα οποία θα αγωνιστούν σε μονούς αγώνες σε ουδέτερα γήπεδα.
Στην τρίτη (Γ΄) φάση προκρίνονται οι οκτώ (8).νικήτριες ομάδες από τη δεύτερη (Β) φάση, οι οποίες θα κληρωθούν, χωρίς γεωγραφικά κριτήρια και θα αγωνιστούν σε μονούς αγώνες σε ουδέτερα γήπεδα.
Στην τέταρτη (Δ΄) φάση οι αγώνες θα διεξαχθούν υπό μορφή τουρνουά. Οι τέσσερις νικήτριες ομάδες που προκρίθηκαν από την Τρίτη (Γ΄) φάση θα συγκεντρωθούν σε Ε.Π.Σ. την οποία θα ορίσει η επιτροπή. Εκεί θα διεξαχθούν όλοι οι αγώνες (ημιτελικοί & τελικοί) καθώς και οι αγώνες για την 3η & 4η θέση.(μικροί τελικοί).
Στο πρωτάθλημα Νέων συμμετέχουν ποδοσφαιριστές που γεννήθηκαν από 01.01.2002 έως και 31.12.2003.
Στο πρωτάθλημα Παίδων συμμετέχουν ποδοσφαιριστές που γεννήθηκαν από 01.01.2004 έως και 31.12.2005.
Ποδοσφαιριστής που ανήκει ηλικιακά στην κατηγορία των Παίδων δύναται να μετάσχει σε αγώνες του πρωταθλήματος Νέων, αποκλειόμενης όμως, στη συνέχεια, της συμμετοχής του στην κατηγορία των Παίδων.
Τα κριτήρια ισοβαθμίας
στ. Τα βαθμολογικά κριτήρια για την ανάδειξη των καλύτερων δεύτερων είναι τα ακόλουθα:
1. Οι περισσότεροι βαθμοί που έχουν συγκεντρώσει στους αγώνες του ομίλου τους.
2. Η μεγαλύτερη διαφορά τερμάτων από τους αγώνες του ομίλου τους.
3. Τα περισσότερα γκολ που έχουν πετύχει στους αγώνες του ομίλου τους.
4. Τα περισσότερα εκτός έδρας γκολ που έχουν πετύχει στου αγώνες του ομίλου τους.
5. Αν εξακολουθεί να προκύπτει ισοβαθμία θα διεξαχθεί αγώνας μπαράζ.