Την διαδικασία της κλήρωσης παρουσίασε η δημοσιογράφος Ζέτα Θεοδωρακοπούλου, με καλεσμένο τον τεχνικό διευθυντή εκπαίδευσης της ΕΠΟ Κώστα Τσάνα.
Από την 1η και τη 2η φάση προέκυψαν 12 ερασιτεχνικές ομάδες, οι οποίες μπήκαν στην κληρωτίδα μαζί με τις 22 της Super League 2.
Στη συνέχεια ακολούθησε η κλήρωση και της 5ης φάσης, στην οποία συμμετείχαν οι εννέα ομάδες της Super League, πλην δηλαδή των πέντε που είχαν ευρωπαϊκές υποχρεώσεις.
Η Καλαμάτα στάθηκε τυχερή στην κλήρωση μιας και πέρασε άνευ αγώνα από την 3η φάση.
Στην 4η φάση, την Τετάρτη 27 Σεπτεμβρίου, κληρώθηκε ως γηπεδούχος με το νικητή της αναμέτρησης Ιωνικός - Καλλιθέα, δύο ομάδων που θα βρει απέναντι της και στο πρωτάθλημα της Super League 2.
Οποια ομάδα προκριθεί από αυτό το ζευγάρι περνάει άνευ αγώνα από την 5η φάση. Κάτι που σημαίνει πως με μία πρόκριση στην έδρα της η "Μαύρη Θύελλα", θα περάσει στους "16" του θεσμού και εκεί το πιθανότερο είναι να αντιμετωπίσει ομάδα από τη Super League.
Θυμίζουμε πως τα παιχνίδια και των τριών φάσεων είναι μονά και οι ημερομηνίες που έχουν οριστεί είναι για την 3η φάση η 13η Σεπτεμβρίου, για την 4η η 27η Σεπτεμβρίου και για την 5η 7 και 8 Οκτωβρίου. Σε περίπτωση ισοπαλίας, το παιχνίδι πάει παράταση και πέναλτι. Υπενθυμίζεται ότι οι ΑΕΚ, Παναθηναϊκός, Ολυμπιακός, ΠΑΟΚ και Άρης θα μπουν στην 6η φάση.

Τα ζευγάρια της 3ης φάσης:
Αχαρναϊκός - Παναχαϊκή
Πανθρακικός - Εθνικός
Ζάκυνθος - Νίκη Βόλου
Κισσαμικός - Απόλλων Πόντου
Αιολικός - Αναγέννηση Καρδίτσας
Χανιώτης - Τηλυκράτης Λευκάδας
Παναργειακός - Παμβουπρασιακός
Ιωνικός - Καλλιθέα
ΟΦ Ιεράπετρας - Καμπανιακός
Απόλλων Παραλιμνίου - Αλεξανδρούπολη
Μακεδονικός - Αιγάλεω
Κοζάνη - Ηρακλής
Ηλιούπολη - Λεβαδειακός
Αστήρ Λιανοκλαδίου - Γούχτας

Τα ζευγάρια της 4ης φάσης:
Κοζάνη / Ηρακλής - Κισσαμικός / Απόλλων Πόντου
Πιερικός - Αχαρναϊκός / Παναχαϊκή
Μικρασιατικός - Απόλλων Παραλιμνίου / Αλεξανδρούπολη
Μακεδονικός / Αιγάλεω - Διαγόρας
Πανθρακικός / Εθνικός - Αστήρ Λιανοκλαδίου / Γούχτα
Ηλιούπολη / Λεβαδειακός - Αιολικός / Αναγέννηση Καρδίτσας
Αλμωπός Αριδαίας - ΟΦ Ιεράπετρας / Καμπανιακός
Προκρίνονται άνευ αγώνα στην επόμενη φάση
Καλαμάτα - Ιωνικός / Καλλιθέα
Ζάκυνθος / Νίκη Βόλου - Παναργειακός / Παμβουπρασιακός
ΑΕΛ - Χανιώτης / Τηλυκράτης Λευκάδας

Τα ζευγάρια της 5ης φάσης:
Πιερικός - Αχαρναϊκός / Παναχαϊκή - Κηφισιά
Ατρόμητος - Πανθρακικός / Εθνικός - Αστήρ Λιανοκλαδίου / Γούχτα
Παναιτωλικός - Μακεδονικός / Αιγάλεω - Διαγόρας
Λαμία - Ηλιούπολη / Λεβαδειακός - Αιολικός / Αναγέννηση Καρδίτσας
ΟΦΗ - Κοζάνη / Ηρακλής - Κισσαμικός / Απόλλων Πόντου
Μικρασιατικός - Απόλλων Παραλιμνίου / Αλεξανδρούπολη - Πανσερραϊκός
Αστέρας Τρίπολης - Αλμωπός Αριδαίας - ΟΦ Ιεράπετρας / Καμπανιακός
ΠΑΣ Γιάννινα - Βόλος
Από την 5η φάση περνούν άνευ αγώνα οι εξής ομάδες:
Καλαμάτα - Ιωνικός / Καλλιθέα
Ζάκυνθος / Νίκη Βόλου - Παναργειακός / Παμβουπρασιακός
Λάρισα - Χανιώτης / Τηλυκράτης Λευκάδας.